电影讲述了一个发生在大唐永徽年间，天象异乱，民不聊生。祈福过程中惊现千首妖，无数百姓遇害。朝廷被迫启用死囚独孤（任达华 饰）查案。探案过程中迷雾重重，千首妖案仿佛只是最浅表的一环。另一方面，表面肩负正义的独孤似乎也有着不为人知的黑暗过往的故事。

故事讲述繁华长安发生诡异大火，大火遇水则旺，与此同时东城内薄发瘟疫，男主角辛礼与师父庚康全力施救却效果甚微。坊间开始流传，所有诡异事件都源自于太子失德遭到了天谴，而辛礼的师父庚康也被收押成为了阶下囚遭到毒害。辛礼为了还太子清白以及查明师父庚康的死因展开调查。辛礼在调查中发现，越来越多的毒虫出现在长安城各个角落，时值太子生辰，围绕太子的阴谋也渐渐浮出水面……